Entre os principais fatores de risco do carcinoma de células escamosas orais (CCEO) estão o tabaco e o álcool, porem recentemente a incidência de pacientes jovens com esta doença, e sem a presença destes fatores de risco tem incentivado as pesquisas para outros fatores de risco que possam estar envolvidos na carcinogênese, entre estes, destaca-se o papiloma vírus humano (HPV). Isto motivou esta revisão de literatura que discute se há diferença na evolução clínica e na resposta ao tratamento após a identificação de marcadores clínicos e moleculares em carcinoma de células escamosas orais associadas ao HPV em pacientes jovens. Esta permitiu esclarecer que a maior compreensão da carcinogênese e do comportamento clínico do câncer associado ao HPV vão melhorar a prevenção da doença, assistência ao paciente, vigilância e estratégias para os tumores de cabeça e pescoço. Mas, ainda têm-se poucas evidências do real papel do HPV em lesões pré-malignas e no câncer oral, pois há significativa divergência nos resultados apresentados. A ampliação dos estudos e a elucidação dos mecanismos ainda desconhecidos sobre a infecção do vírus podem ser de significante utilidade no diagnóstico e no tratamento para a estomatologia. A análise do infiltrado inflamatório em biópsia pode contribuir para a avaliação do prognóstico dos doentes com CCEO, porem poucos estudos conclusivos com a associação do HPV nesta região anatômica. O uso de marcadores tumorais é um exame complementar, devendo-se sempre, quando necessário a sua utilização, ser acompanhado de outros métodos para diagnóstico ou modificação terapêutica.